Ο Δήμος Μαραθώνος αποτελεί έναν από τους πλέον ιστορικού Δήμους της Ελλάδας. Ο Μαραθώνας και τμήμα της Νέας Μάκρης έχει χαρακτηριστεί ως ιστορικό τόπος (ΦΕΚ 60/ΑΑΠ/2016, ΦΕΚ 187/ΑΑΠΘ/2016). Εντός των ορίων της Δ.Ε. εντοπίζονται οι εξής σημαντικοί αρχαιολογικοί χώροι και μνημεία:
· Μαραθώνας Αττικής (ΦΕΚ 866/Β/1977, ΦΕΚ 366/Β/1980, ΦΕΚ 60/ΑΠΠ/2016, ΦΕΚ 187/ΑΑΠΘ/2016)
· Βρανάς, Μαραθώνας (ΦΕΚ 1032/Β/1977)
· Μπρεξίζα Νέας Μάκρης, Ζώνες Προστασίας (ΦΕΚ 112/Β1992, ΦΕΚ 1117/Δ/2002)
· Τύμβος Μαραθώνα, Ζώνες προστασίας (ΦΕΚ 265/Β/1957, ΦΕΚ 518/Β/1963, ΦΕΚ 1131/Β/1973, ΦΕΚ 733/Β/1977, ΦΕΚ 676/Β/1995)
· Μάνδρα Γριάς Μαραθώνα, Ζώνες Προστασίας (ΦΕΚ 235/Β/1992)
· Μαραθώνας, Ενάλιος χώρος (ΦΕΚ 60/ΑΑΠ/2016, 366/Β/1980, 866/Β/1977)
· Ραμνούντας και Κοιλάδα Λιμικού, Ζώνη Προστασίας (ΠΔ 19-6-1981 - ΦΕΚ 400/Δ/1981, ΦΕΚ 1103/Β/1980, ΦΕΚ 60/Β/1959)
· Πύργος Βαρνάβα, Λούτσα, Αττική (ΦΕΚ 149/ΑΑΠ/2008)
· Λόφος Κοτρώνι Μαραθώνα (φεκ 265/Β/1957)