Πέραν της χλωρίδας, στο Δήμο λόγω και την ύπαρξης των ορεινών όγκων και των φαραγγιών υπάρχει πλούσια πανίδα. Σημειώνεται ότι μόνο στα Αστερούσια έχουν καταγραφεί 90 είδη πτηνών, 24 είδη ερπετών, 8 είδη ασπόνδυλων, 29 είδη ημερόβιων αρπακτικών και πλήθος μεταναστευτικών πουλιών που σταθμεύουν στην περιοχή, χρησιμοποιώντας ως ενδιάμεσους σταθμούς τις λιμνοδεξαμενές στα Αρμανώγεια και τα Δαμάνια. Επίσης ο Γιούχτας φιλοξενεί 40 είδη πουλιών, με πιο σημαντικό το όρνιο, που χρησιμοποιεί το βουνό ως τόπο φωλαιοποίησης και αναπαραγωγής.
Τα βουνά του δήμου Αρχανών - Αστερουσίων αποτελούν δύο από τις πιο σημαντικές, από άποψη βιοποικιλότητας, περιοχές της Κρήτης, ανήκουν δε στο δίκτυο Προστατευόμενων Περιοχών «NATURA 2000». Γιούχτας Ο Γιούχτας βρίσκεται στο μέσο μιας εκτεταμένης πεδιάδας που οριοθετείται στα δυτικά από τον Ψηλορείτη, στα ανατολικά από τα Λασιθιώτικα όρη και στα νότια από τα βουνά των Αστερουσίων. Ο κυρίως όγκος του Γιούχτα, μαζί με τον ιστορικό λόφο του «Τζε», τη λοφώδη δηλαδή προέκταση του βουνού στα όρια των Κάτω Αρχανών, την «Κεφάλα», αναδασωτέα έκταση που αποτελεί και το μοναδικό δασικό πάρκο αναψυχής της περιοχής και, τέλος, τα τρία γειτονικά φαράγγια, το Κνωσσανό, το Κουναβιανό και το Αστρακιανό, αποτελούν ενιαίο φυσικό οικοσύστημα και συνιστούν το υπό προστασία Οικολογικό Πάρκο του Γιούχτα. Αστερούσια Νότια του Ψηλορείτη και κατά μήκος των νότιων παραλίων του Νομού Ηρακλείου αναπτύσσεται ο ορεινός όγκος των Αστερουσίων ορίζοντας στα βόρειά του την πεδιάδα της Μεσσαράς. Γεωμορφολογικά διαφοροποιείται σημαντικά από τους υπόλοιπους ορεινούς όγκους της Κρήτης. Διακρίνεται για την πλήρη έλλειψη δασοκάλυψης, αλλά διαθέτει μοναδικού ενδιαφέροντος μικροσυστήματα που συνδυάζουν μοναδικούς γεωλογικούς σχηματισμούς όπως φαράγγια, με εξαιρετικής ομορφιάς εξόδους προς το Λιβυκό Πέλαγος. Αποτελεί τον νοτιότερο ορεινό όγκο της Ευρώπης και έχει μεγάλη οικολογική αξία, καθώς το 55% των ειδών πανίδας και χλωρίδας που έχουν καταγραφεί συνολικά στην Κρήτη, συναντάται στα Αστερούσια.
ΠΡΟΣΤΑΤΕΥΟΜΕΝΕΣ ΠΕΡΙΟΧΕΣ ΔΗΜΟΥ ΑΡΧΑΝΩΝ - ΑΣΤΕΡΟΥΣΙΩΝ
Περιοχές Natura (Τόποι Κοινοτικής Σημασίας)
● Αστερούσια (Κόφινας) : GR 4310005
● Γιούχτας - Φαράγγι Αγίας Ειρήνης : GR 4310002
Περιοχές Natura (Ζώνες Ειδικής Προστασίας)
● Αστερούσια ‘Ορη (Κόφινας) : GR 4310013
● Όρος Γιούχτας : GR 4310010
Καταφύγια Άγριας Ζωής
● Αστερούσια ΦΕΚ 753/β/15-06-01
● Ύψωμα Όφις Μαριάς- Επανωσήφη Μεταξοχωρίου ΦΕΚ 245/Β/78
● Όρος Γιούχτας και Φαράγγι Αγίας Ειρήνης ΦΕΚ 769/Β/19-06-01
● Κουνάβων ΦΕΚ 754/Β/15-06-01 Μελεσών ΦΕΚ 754/Β/15-06-01
Τοπία Ιδιαίτερου Φυσικού Κάλλους
Αγία Ειρήνη Αστερούσια όρη Γιούχτας Βιότοποι Αστερούσια όρη Όρος Γιούχτας