Σύμφωνα με τον ν.3937/2011 (ΦΕΚ 60/Α/31-3-2011) Αρθ. 5, ως σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος (οικοτόπων και ειδών) είναι οι περιοχές Natura, τα Καταφύγια Άγριας Ζωής (ΚΑΖ), τα Εθνικά Πάρκα, οι Εθνικοί Δρυμοί κ.λπ.
Στο Δήμο εντοπίζονται τα εξής σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος:
● Δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Natura 2000: Ευρύτερη περιοχή πόλης Ιωαννίνων
(GR2130012). Φορέας Διαχείρισης: Φορέας Διαχείρισης Λίμνης Παμβώτιδας Ιωαννίνων, Ευρύτερη περιοχή Αθαμανικών Ορέων (GR2130013) Φορέας Διαχείρισης: Φορέας Διαχείρισης Εθνικού Πάρκου Τζουμέρκων, Κοιλάδας Αχελώου Αγράφων και Μετεώρων.
● Καταφύγια Άγριας Ζωής: Κουπάκια (ΦΕΚ 686/Β/1994)
● Προστατευόμενη περιοχή λίμνης Παμβώτιδας: Π.Δ. 5.5.1989 (ΦΕΚ 297/Δ) «Καθορισμός ζώνης οικιστικού ελέγχου, κατώτατου ορίου κατάτμησης και λοιπών όρων και περιορισμών δόμησης στην εκτός εγκεκριμένου σχεδίου και εκτός ορίων οικισμών προϋφισταμένων του έτους 1923 περιοχή του δήμου Ιωαννιτών και των κοινοτήτων Ανατολής, Κατσικά, Περάματος, Κρύας, Κρανούλας, Ελεούσας, Μεγάλου Γαρδικίου, Ροδοτοπίου, Ζωοδόχου, Βουνοπλαγιάς, Μαρμάρων, Σταυρακίου, Νεοχωρόπουλου, Πεδινής, Μπάφρας, Κουτσελιού, Νεοκαισάρειας, Καστρίτσας, Λογγάδων, Αμφιθέας, Λιγκιάδων και Αγίου Ιωάννη (Ν. Ιωαννίνων)», όπως τροποποιήθηκε με το (ΦΕΚ 389 /Δ/1993). Σχέδιο Π.Δ. «Χαρακτηρισμός της υδάτινης, χερσαίας, και ευρύτερης περιοχής της λίμνης Παμβώτιδας (Ιωαννίνων), ν. Ιωαννίνων, ως Περιφερειακό Πάρκο, και καθορισμός χρήσεων γης όρων και περιορισμών δόμησης».