Σύμφωνα με τον ν.3937/2011 (ΦΕΚ 60/Α/31-3-2011) Αρθ. 5, ως σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος (οικοτόπων και ειδών) είναι οι περιοχές Natura, τα Καταφύγια Άγριας Ζωής (ΚΑΖ), τα Εθνικά Πάρκα, οι Εθνικοί Δρυμοί κ.λπ.
Στους Δήμους Σύμης – Τήλου - Χάλκης εντοπίζονται τα εξής σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος:
● Δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Natura 2000 ΜΕ Φορέα Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών Δωδεκανήσου:
o GR4210025 – SPA, “Ανατολικό Τμήμα νήσου Σύμης και νησίδες Κουλουνδρός, Σέσκλι, Τρουμπέτο, Μαρμαράς, Καραβαλονήσι, Μεγαλονήσι, Γιαλεσίνο, Οξεία, Χόνδρος, Πλατύ, Νίμος και θαλάσσια περιοχή νήσου Σύμης”, έκτασης 9874,98 εκτ.
o GR4210024 – SPA, «Νήσος Τήλος και νησίδες: Αντότηλος, Πελεκούσα, Γαιδουρόνησι, Γιακούμι, Άγιος Ανδρέας, Πρασούδα, Νησί», έκτασης 17773.42 εκτ.
o GR4210026 – SPA, «Νήσος Χάλκη και νησίδες: Κολοφώνα, Πάνω Πραασούδα, Τραγούσα, Στρογγυλή, Άγιος Θεόδωρος, Μαελονήσι, Αλίμια, Κρεβάτι, Νησάκι», έκτασης 35320.29 εκτ.
● Καταφύγια Άγριας Ζωής (ΚΑΖ):
o Κ746, Νήσος Τήλος ΦΕΚ 1322/Δ/11-10-2001
o Κ917, Νησίδες Χόνδρος, Μαρμαράς, Γιαλεσίνος και Κουλούνδρος της Σύμης.... κλπ., (ΦΕΚ 1149/Δ/04-09-2002).
o Κ918, Νησίδες Αρμαθιά και Μακρονήσι της Κάσου, Αντίτηλος και Γάιδαρος της Τήλου....κλπ, ΦΕΚ 1149/Δ/4-9-2002
o Κ527, Ερημονήσια Σέσκλι-Νιμός (Σύμης), ΦΕΚ 706/Δ/1982
● Υγρότοποι:
o Λιμνοδεξαμενή Κάμπου Ερίστου / Αγ.Ειρήνης: Η Λιμνοδεξαμενή Κάμπου Ερίστου / Αγ.Ειρήνης βρίσκεται περίπου 1 χιλιόμετρο νότια - νοτιοανατολικά από τον οικισμό Μεγάλο Χωριό στην Τήλο. Πρόκειται για μια εξωποτάμια λιμνοδεξαμενή με ακάλυπτη μεμβράνη και περίφραξη. Η λιμνοδεξαμενή βρίσκεται εντός ορίων Ζώνης Ειδικής Προστασίας (GR4210024), Καταφυγίου Άγριας Ζωής (ΦΕΚ 1322/Β/2001) και την αρχαιολογικής περιοχής Μεγάλος Χωριό (ΦΕΚ 1246/Β/2005). Τέλος η ευρύτερη περιοχή έχει χαρακτηριστεί Σημαντική Περιοχή για τα Πουλιά.
o Αλμυρό λιμνίο Αλιμνιάς: Το λιμνίο Αλιμνιάς βρίσκεται στο ομώνυμο νησάκι και ως υγρότοπος βρίσκεται στο μυχό του κόλπου της Αλιμνιάς. Πρόκειται για μια φυσική κοιλότητα με αλμυρό νερό το οποίο εισέρχεται στον υγρότοπο από τη θάλασσα είτε μέσω του κυματισμού, είτε υποεπιφανειακά. Βρίσκεται σε περιοχή που έχει χαρακτηριστεί Ζώνη Ειδικής Προστασίας (GR4210026) και Σημαντική Περιοχή για τα Πουλιά, ενώ περιλαμβάνεται στο Προεδρικό Διάταγμα για την προστασία των μικρών νησιωτικών υγρότοπων της Ελλάδας (Y421ALN001). Επιπλέον, ολόκληρο το νησί έχει κηρυχθεί Αρχαιολογικός Χώρος (ΦΕΚ 991/Β/1999) και Τοπίο Ιδιαίτερου Φυσικού Κάλλους (ΦΕΚ 1176/Β/2000).
Εθνικά Πάρκα και Εθνικοί Δρυμοί στην περιοχή δεν υπάρχουν.