Σύμφωνα με τον ν.3937/2011 (ΦΕΚ 60/Α/31-3-2011) Αρθ. 5, ως σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος (οικοτόπων και ειδών) είναι οι περιοχές Natura, τα Καταφύγια Άγριας Ζωής (ΚΑΖ), τα Εθνικά Πάρκα, οι Εθνικοί Δρυμοί κ.λπ.
Στο Δήμο Κεντρικών Τζουμέρκων εντοπίζονται τα εξής σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος:
● Δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Natura 2000: Στην περιοχή του Δήμου υπάρχουν τρεις περιοχές ενταγμένες στο δίκτυο Natura 2000 και συγκεκριμένα:
o Ευρύτερη περιοχή Αθαμανικών Ορέων (GR2130013)
o Όρη Αθαμάνων (Νεράιδα) (GR2110002)
o Κοιλάδα Αχελώου και Όρη Βάλτου (GR2110006)
Οι προστατευόμενες περιοχές είναι αρμοδιότητα του Φορέα Διαχείρισης Τζουμέρκων, Αράχθου και Δυτικής Θεσσαλίας.
● Καταφύγια Άγριας Ζωής: Ανατολικά Τζουμέρκα (ΦΕΚ 1110/Β/2004), Αθαμανίου-Θεοδωριάνων (ΦΕΚ 1146/Β/2004), Ευρύτερη περιοχή χαράδρας π. Αράχθου (ΦΕΚ 1378/Β/2006), ΑνεμοράχηΔιστράτου (ΦΕΚ 1076/Β/2005), Ζυγός (Μακρυνιάδας-Κάτω Καλεντίνης) (ΦΕΚ 5770/Β1994)
● Εθνικό Πάρκο: Στην περιοχή των Τζουμέρκων υπάρχει το Εθνικό Πάρκο Τζουμέρκων − Περιστερίου και χαράδρας Αράχθου, το οποίο ιδρύθηκε με το Π.Δ. της 9-2-2009 (ΦΕΚ 49/Δ/2009) και περιλαμβάνει τη χερσαία περιοχή των ορεινών όγκων της κεντροδυτικής Πίνδου, που βρίσκεται στην εκτός σχεδίου και εκτός ορίων οικισμών προ του 1923 και κάτω των 2000 κατοίκων των ακόλουθων δήμων και κοινοτήτων: Δ. Αγνάντων, Δ. Αθαμανίας, Δ. Ξηροβουνίου, Κ. Μελισσουργών, Κ. Θεοδωριάνων (ν. Άρτας), Δ. Εγνατίας, Δ. Κατσανοχωρίων, Δ. Μετσόβου, Δ. Παμβώτιδας, Δ. Πραμάντων, Δ. Τζουμέρκων, Κ. Βαθυπέδου, Κ. Καλαρρυτών, Κ. Ματσουκίου, Κ. Συρράκου (ν. Ιωαννίνων) και Δ. Αιθήκων, Κ. Ασπροποτάμου, Κ. Νεράιδας (ν. Τρικάλων). Το Εθνικό Πάρκο είναι αρμοδιότητα του Φορέα Διαχείρισης Εθνικού Πάρκου Τζουμέρκων, Κοιλάδας, Αχελώου, Αγράφων και Μετεώρων.
● Σημαντικές Περιοχές για τα Πουλιά (ΣΠΠ): Αθαμανικά όρη (Τζουμέρκα) (GR079)