Ανάμεσα στους πολυάριθμους οικισμούς των δύο Δ.Ε. Αγ. Νικολάου και Νεάπολης του Δήμου Αγίου Νικολάου, βρίσκεται και ένας αξιόλογος αριθμός χαρακτηρισμένων παραδοσιακών οικισμών (ΦΕΚ 581Δ/78 και 594Δ/78 ΥΠΕΧΩΔΕ). Οι οικισμοί αυτοί δύνανται να αξιοποιηθούν και να αποτελέσουν πυρήνες τοπικής ανάπτυξης και μοχλό πολιτισμικής αναζωογόνησης. Αυτοί είναι οι οικισμοί Λίμνες, Μίλατος, Φουρνή, Καστέλλι, Επάνω Ελούντα, Επάνω Σίσι, Κριτσά, Πλάκα.
Εντός της περιοχής μελέτης εντοπίζονται οι εξής σημαντικοί αρχαιολογικοί χώροι και μνημεία:
o Μίλατος Λασιθίου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΟ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/8324/492 ΦΕΚ: 681/Β/2000-06-02
o Παραδοσιακός οικισμός, Αγόροι, Νεάπολη, Λασίθι, Ιστορικός τόπος, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΕ/Β1/Φ32/42382/1611 ΦΕΚ: 1073/Β/1979-11-24
o Δρήρος Νεάπολης, Σκοτεινό Γουβών, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΠ.ΠΟ.Τ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/109860/5400 ΦΕΚ: 43/ΑΑΠ/2010-02-16
o Σπιναλόγκα, Βαθύ, Πόρος Ελούντας Λασιθίου, Ενάλιος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ YΠΠΟ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ43/46162/3173 ΦΕΚ: 1262/Β/2003-09-04
o Σπήλαιο στο Κοπράνι Πλάκας, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΠΠΟΤ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/71729/3377 ΦΕΚ: 317/ΑΑΠ/2010-08-04
o Σχοινιάς Μιραμπέλλου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος ΥΑ ΥΠΠΟ/ΑΡΧ/Α1/Φ43/46870/2462, ΦΕΚ: 772/Β/1994-10-12
o Δυτική ακτή όρμου Σπιναλόγκας, Ελούντα Μιραμπέλλου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΕ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/38195/1300 ΦΕΚ: 731/Β/1981-12-04
o Πύργος Πινών Ελούντας, Πύργος Πινών Ελούντας, ΥΑ ΥΠΠΕ/ΑΡΧ/Α/Φ31/24456/1834 π.ε. ΦΕΚ: 699/Β/1976-05-26
o Ελούντα Λασιθίου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΟ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/5842/278 ΦΕΚ: 304/Β/2000-03-10
o Φρούριο Σχίσμα Ελούντας, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος Χερσαίος ΥΠΠΟΤ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/71729/3377, ΦΕΚ: 317/ΑΑΠ/2010-08-04
o Οξά Αγίου Νικολάου Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΕ/ΑΡΧ/Α/Φ31/24456/1834 π.ε. ΦΕΚ: 699/Β/1976-05-26
o Αμπέλια Λενικών, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΟ/ΑΡΧ/Α1/Φ43/22747/1303, ΦΕΚ: 489/Β/1997-06-13
o Ναός Άρη και Αφροδίτης, Ελληνικά, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΕ/ΑΡΧ/Α/Φ31/24456/1834 π.ε./5-5-1976 ΦΕΚ: 699/Β/1976-05-26
o Σαρακηνού Κεφάλα, Αγίος Νικόλαος, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΠΠΟΤ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/71729/3377, ΦΕΚ: 317/ΑΑΠ/2010-08-04
o Σπήλαιο Τρύπα Ξηρόκαμπου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΕ/ΑΡΧ/Α/Φ31/24456/1834 π.ε, ΦΕΚ: 699/Β/1976-05-26
o Νησίδες Αγίων Πάντων και Μικρονησίου Λασιθίου, Τοπίο Φυσικού Κάλλους, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΟ/ΑΡΧ/Α1/Φ22/7293/327/8-2-1996, ΦΕΚ: 572/Β/1996-07-16
o Αλευρικό Αγίου Νικολάου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΠΠΟΤ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/71729/3377, ΦΕΚ: 317/ΑΑΠ/2010-08-04
o Βουρκιάς Αγίου Νικολάου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΟ/ΑΡΧ/Α1/Φ43/26644/1346, ΦΕΚ: 902/Β/1996-09-24
o ΕΦΑ Αλμυρός Αγίου Νικολάου Κρήτης, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΕ/ΑΡΧΑΙΟΤ/Α1/Φ24/39051/1817, ΦΕΚ: 814/Β/1979-09-19
o Θύλακας Αγίου Νικολάου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΠΠΟΤ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/71729/3377, ΦΕΚ: 317/ΑΑΠ/2010-08-04
o Κάστελλος και Πόντα, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΕ/ΑΡΧ/Α/Φ31/24456/1834 π.ε., ΦΕΚ: 699/Β/1976-05-26
o Σπήλαιο Κάτω Περιστεράς, Καρύδι Λασιθίου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΕ/ΑΡΧ/Α/Φ31/24456/1834 π.ε./5-5-1976, ΦΕΚ: 699/Β/1976-05-26
o Σπήλαιο Δικταίο Άντρο, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΕ/Α1/Φ24/83609/2737/28-12-1981, ΦΕΚ: 50/Β/1982-02-10
o Σπήλαιο Σκαφίδια, Λασίθι, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΕ/ΑΡΧ/Α/Φ31/24456/1834 π.ε., ΦΕΚ: 699/Β/1976-05-26
o Παπούρα Αγίου Γεωργίου Λαγού, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΕ/ΑΡΧ/Α/Φ31/24456/1834 π.ε., ΦΕΚ: 699/Β/1976-05-26
o Μπαγκάλη Αγίου Κωνσταντίνου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΑ ΥΠΠΕ/ΑΡΧ/Α/Φ31/24456/1834 π.ε., ΦΕΚ: 699/Β/1976-05-26
o Κολόνα Αγίου Κωνσταντίνου , Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος ΥΑ ΥΠΠΕ/ΑΡΧ/Α/Φ31/24456/1834 π.ε. ΦΕΚ: 699/Β/1976-05-26
o Γωνιά Λασιθίου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΠΠΟΤ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/71729/3377, ΦΕΚ: 317/ΑΑΠ/2010-08-04
o Βρόκαστρο Καλού Χωριού, Βρόκαστρο Καλού Χωριού ΠΔ ΦΕΚ: 93/Δ/1990-02-16
o Βρυονήσι Καλού Χωριού, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΠΔ/26-01-1990, ΦΕΚ: 93/Δ/1990-02-16
o Κεντρομουρί Καλού Χωριού, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΠΠΟΤ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/71729/3377, ΦΕΚ: 317/ΑΑΠ/2010-08-04
o Πύργος Καλού Χωριού Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΠΠΟΤ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/71729/3377 ΦΕΚ: 317/ΑΑΠ/2010-08-04
o Πρινιάτικος Πύργος Καλού Χωριού, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΠΔ ΦΕΚ: 93/Δ/1990-02-16
o Ευρύτερη περιοχή Καλού Χωριού Μιραμπέλλου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος ΠΔ: ΦΕΚ: 93/Δ/1990-02-16
o Δολονούς Λακκάκι Λασιθίου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΠΠΟΤ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/71729/3377, ΦΕΚ: 317/ΑΑΠ/2010-08-04
o Δυτικά Κρούστα Λασιθίου, Χερσαίος Αρχαιολογικός Χώρος, ΥΠΠΟΤ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ24/71729/3377, ΦΕΚ: 317/ΑΑΠ/2010-08-04