Όσον αφορά στον πολεοδομικό σχεδιασμό για τον Δήμο Ηρακλειου, για την Δ.Ε Ηρακλείου, ο εναρμονισμός των υφιστάμενων χρήσεων γης γίνεται με το νέο Π.Δ. των χρήσεων γης (ΦΕΚ 114/Α’/2018) και η θεσμοθέτηση των σχετικών προβλέψεων του εγκεκριμένου ΣΟΑΠ Ηρακλείου. Επίσης υπάρχει  θεσμοθετημένο ΣΧΟΟΑΠ του Ν. 2508/97 (ΦΕΚ 60/ΑΑΠ/2010) για το σύνολο της Δ.Ε. και τροποποίηση με αριθμό ΦΕΚ 568/ΑΑΠ/2010. Για τον οικισμό Βραχόκηπο υπάρχει θεσμοθετημένο ΣΧΟΟΑΠ με αριθμό ΦΕΚ 147/ΑΑΠ/2011 και ΦΕΚ 55/Δ/1989, ενώ για τον οικισμό Γούρνες με αριθμό ΦΕΚ 840/Δ/2005. Τέλος στη ΔΕ Ηρακλείου το 2004 εγκρίθηκε ΓΠΣ (ΦΕΚ 268/Δ/2004) για τους οικισμούς Βούτες και Γιοφυράκια. Τόσο για την ΔΕ Ηρακλειου αλλά και της Νέας Αλικαρνασσού είναι σε εφαρμογή από το έτος 1981 η 16^η ΕΣΧΠ (ΦΕΚ 654/Β/16-10-1981), η οποία καθόρισε γενικές ρυθμίσεις (χρήσεις γης, περιοχές αναψυχής, τουρισμού κ.λπ.) για το τότε πολεοδομικό συγκρότημα της πόλης του Ηρακλείου και της Νέας Αλικαρνασσού και την ευρύτερη περιοχή τους. Το έτος 1988 εγκρίθηκε Γενικό Πολεοδομικό Σχέδιο (ΓΠΣ), το οποίο αφορά κυρίως στις πόλεις του Ηρακλείου και της Νέας Αλικαρνασσού (ΦΕΚ 458/Δ/29-06-1988) και δεν καλύπτει το σύνολο της έκτασης των ΔΕ. Η τελευταία τροποποίηση του ΓΠΣ για το Ηράκλειο έγινε το έτος 2003 (ΦΕΚ 696/Δ/08-07-2003). Για τη ΔΕ της Νέας Αλικαρνασσού το ΓΠΣ επεκτάθηκε και αναθεωρήθηκε το έτος 2009 (ΦΕΚ 122/ΑΑΠ/23-03-2009), καλύπτοντας το σύνολο της έκτασης της ΔΕ. Το έτος 2020 εγκρίθηκε το Σχέδιο Ολοκληρωμένης Αστικής Παρέμβασης που αφορά στην πόλη του Ηρακλείου (ΣΟΑΠ – ΦΕΚ 494/Β/19-02-2020). Για την Δ.Ε. Παλιανής, στις 25 Ιουλίου 2014 υποβλήθηκε από τους μελετητές η B2΄ Φάση της μελέτης του ΣΧΟΟΑΠ της Δημοτικής Ενότητας, στην Δ/νση Περιβάλλοντος και Χωρικού Σχεδιασμού της Περιφέρειας Κρήτης (αρ. πρωτ. 95111/25-7-2014) και στον Δήμο Ηρακλείου (αρ. πρωτ. 118110/25-7-2014). Στις 10 Φεβρουαρίου 2015, κατατέθηκαν διορθωμένοι χάρτες της Β2 Φάσης της μελέτης, στην Δ/νση Περιβάλλοντος και Χωρικού Σχεδιασμού της Περιφέρειας Κρήτης (αρ. πρωτ.18696/10-2-2015).

Οι πληροφορίες των οικισμών εμφανίζονται στον παρακάτω Πίνακα:

Τα προβλήματα που αντιμετωπίζονται στην υπό εξέταση περιοχή όσον αφορά την πολεοδομική οργάνωση έγκειται στο γεγονός πως το ενοποιημένο «αστικό» κέντρο Ηρακλείου και Νέας Αλικαρνασσού (αναπτυξιακό, πολιτιστικό, εκπαιδευτικό, τουριστικό, επενδυτικό και οικονομικό κέντρο της Κρήτης), διαθέτει πολεοδομικό - ρυμοτομικό σχεδιασμό, ο οποίος δεν ανταποκρίνεται επαρκώς στις απαιτήσεις της αειφόρου οικιστικής ανάπτυξης. Χαρακτηρίζεται από την ύπαρξη μεγάλου αριθμού αυθαιρέτων κτισμάτων, την ανεπάρκεια κοινοχρήστων και κοινωφελών χώρων, συγκρούσεις χρήσεων γης, οικιστικές πιέσεις προς τον περιαστικό χώρο και την γεωργική γη υψηλής παραγωγικότητας, αλλοιώσεις του ευαίσθητου τοπίου των αρχαιολογικών ζωνών και των περιοχών ιδιαίτερου φυσικού κάλους, την ανεπαρκή σύνδεση με τον κεντρικό αστικό ιστό των επεκτάσεων νότια του βόρειου οδικού άξονα Κρήτης, ο οποίος μάλιστα λειτουργεί ως περιφερειακή οδός. Οι περιαστικές Δημοτικές Ενότητες εξακολουθούν να έχουν αγροτικό χαρακτήρα, παρέχουν τη δυνατότητα ανεύρεσης μεγάλων δομήσιμων εκτάσεων και τη δυνατότητα λελογισμένης εκτόνωσης προς νότο των βεβαρυμμένων από άποψη ασυμβατότητας χρήσεων και οικιστικών πιέσεων των παραλιακών ΔΕ Ηρακλείου και Ν. Αλικαρνασσού, έχουν δε σοβαρές δυνατότητες ανάπτυξης ήπιων - εναλλακτικών μορφών τουρισμού και μεταποιητικών δραστηριοτήτων συναφών προς την τοπική παραγωγή. 

Θα πρέπει να γίνουν ενέργειες προς τον προγραμματισμός 1^ου επιπέδου πολεοδομικού σχεδιασμού για το σύνολο της έκτασης του Δήμου με υιοθέτηση των αρχών της συμπαγούς πόλης, περιορισμό της εκτός σχεδίου δόμησης, καθορισμό χρήσεων γης - όρων δόμησης - περιοχών ανάπλασης κ.α. με βάση τις επιταγές του Π.Χ.Π. Περιφέρειας Κρήτης. Σημαντική είναι η λελογισμένη αναθεώρηση και  επέκταση των Γ.Π.Σ. Ηρακλείου – Νέας Αλικαρνασσού - Βουτών και η εναρμόνιση με βάση το νέο Π.Δ. περί χρήσεων γης, με αποκατάσταση διαπιστωμένων αστοχιών («κενών») ή ασυμβατότητας χρήσεων, κατευθύνσεις οι οποίες έχουν επισημανθεί ήδη από το Σ.Ο.Α.Π., τη Σ.Β.Α.Α. και το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα του Δήμου Ηρακλείου. Επιπλέον απαιτείται η χωροταξική οργάνωση - ρύθμιση των περαστικών Δημοτικών Ενοτήτων, δεδομένου ότι, παρά τις οικιστικές πιέσεις που δέχονται και τις αναπτυξιακές δυνατότητες και των τριών, για μόνο μία Δ.Ε. του Δήμου Ηράκλειου  (Δ.Ε. Παλιανής) εκπονείται Σ.Χ.Ο.Α.Π. Για την παραγωγική συγκρότηση της περιοχής μελέτης είναι σημαντική η αναγνώριση της χρήσης «γεωργική γη πρώτης προτεραιότητας» – στο σύνολο ή σε τμήμα της – ως «χρήση προτεραιότητας» και η θεσμική προστασία της γεωργικής γης με απαγόρευση κατάτμησης, καθώς και η πρόβλεψη δράσεων αγροτικού αναδασμού, εφόσον απαιτείται. Στο κομμάτι των συγκοινωνιακών μελετών είναι μείζον θέμα η πρόβλεψη για τη βιώσιμη κινητικότητα του συνόλου του πληθυσμού και των επισκεπτών και τέλος η εν γένει πρόβλεψη ποιοτικών παρεμβάσεων για την αναβάθμιση του περιβάλλοντος, προσανατολισμένες τόσο στον αστικό, όσο και στον περιαστικό χώρο και στην ύπαιθρο καθώς και η συγκρότηση εξειδικευμένου πλαισίου δράσεων για την ενιαία ολοκληρωμένη ανάδειξη των στοιχείων του φυσικού και πολιτιστικού περιβάλλοντος.