Σύμφωνα με τον ν.3937/2011 (ΦΕΚ 60/Α/31-3-2011) Αρθ. 5, ως σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος (οικοτόπων και ειδών) είναι οι περιοχές Natura, τα Καταφύγια Άγριας Ζωής (ΚΑΖ), τα Εθνικά Πάρκα, οι Εθνικοί Δρυμοί κ.λπ.
Δήμος Καρπάθου
Στο Δήμο Καρπάθου απαντώνται δύο περιοχές που ανήκουν στο δίκτυο προστατευόμενων περιοχών του Δικτύου Νatura 2000:
- Βόρεια Κάρπαθος και Σαρία και παράκτια θαλάσσια ζώνη (GR4210003)
- Κεντρική Κάρπαθος: Καλή Λίμνη – Λαστός – Κυρά Παναγιά και παράκτια θαλάσσια ζώνη (GR4210002)
Οι περιοχές τελούν υπό την προστασία και διαχείριση του Φορέα Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών Δωδεκανήσου.
Η νήσος Σαρία έχει χαρακτηριστεί ως βιότοπος Corine με κύρια χαρακτηριστικά το γυμνό και βραχώδες έδαφος με πολλούς θαλάσσιους γκρεμούς. Πρόκειται για μια περιοχή με μεγάλη οικολογική αξία καθώς είναι σημαντική για τα πουλιά Falco eleonorae (Μαυροπετρίτης) και για τη φώκια Monachus Monachus (Μεσογειακή φώκια).
Οι βιότοποι Corine στην Κεντρική και Βόρεια Κάρπαθο εντάσσονται σε μια οροσειρά που περιλαμβάνει τρεις κορυφές στο κεντρικό τμήμα του νησιού, μεγάλα πευκοδάση στα χαμηλότερα υψόμετρα, γυμνά ή θαμνώδη μέρη στα μεγαλύτερα υψόμετρα κατά μήκος της Βόρειας ακτής του νησιού και ανατολικά του χωριού Απέριον. Πρόκειται για μια περιοχή με φυσικό κάλλος και μεγάλη οικολογική αξία.
Απειλές για τους βιότοπους αποτελούν οι πυρκαγιές, η υπερβόσκηση και η τουριστική δραστηριότητα.
Επίσης εντοπίζονται τα κάτωθι Καταφύγια Άγριας Ζωής (ΚΑΖ):
● Βανάντα – Βουργούντα – Σπόι – Αυλώνας – Τρίστομο (Ολύμπου – Καρπάθου) (ΦΕΚ 925/Β/29.12.1989)
● Άσπρη Πέτρα – Πούα – χάι (Σπόων Καρπάθου) (ΦΕΚ 1049/Β/26.8.1976)
● Καμινάκια – Άγ. Επιφάνειος – Μακρύγιαλος (Μεσοχωρίου Καρπάθου) (ΦΕΚ 1049/Β/26.8.1976)
● Ντιά – Λαστός – Φλασκούνια (Βωλάδου Καρπάθου) (ΦΕΚ 757/Β/11.11.1982)
● Μέλουρα (Όθου Καρπάθου) (ΦΕΚ 1014/Β/6.8.1976)
● Κάτω Γύρη – Άγ. Ονούφριος – Ρίζες (Αρκάσας – Μενετών Καρπάθου) (1014/ Β/6.8.1976)
● Άγ. Ιωάννης – Λημνιώνας – Μόλα – Σκάλα (Μενετών Καρπάθου) (ΦΕΚ 464/Β/7.8.1981)
● Καστέλλο – Μακρύς Γυαλός (Μενετών Καρπάθου) (ΦΕΚ 1018/Β/11.8.1976)
Τοπίο Ιδιαίτερου Φυσικού Κάλλους (ΤΙΦΚ) και μικρός νησιωτικός υγρότοπος αποτελεί το Έλος Τριστόμου (ΦΕΚ ΑΑΠ 229/19.06.2012- Π.Δ. «Έγκριση καταλόγου μικρών νησιωτικών υγροτόπων και καθορισμός όρων και περιορισμών για την προστασία και ανάδειξη των μικρών παράκτιων υγροτόπων που περιλαμβάνονται σε αυτόν».)
Δήμος Ηρωικής Νήσου Κάσου
Δίκτυο Νatura 2000
● Κάσος και Κασονήσια – Ευρύτερη θαλάσσια περιοχή GR4210001
● Νήσος Κάσος και σύμπλεγμα Κασονήσιων και θαλάσσια περιοχή GR4210028
Το οικοσύστημα της Κάσου µπορεί να θεωρηθεί τυπικό παράδειγµα οικοσυστήματος που έχει δεχθεί πιέσεις από την υπερβόσκηση. Από το 1980 τα µακκί υποβαθµίσθηκαν σε φρύγανα, οι εγκαταλελειµµένες καλλιέργειες καλύφθηκαν µε φρύγανα, οι πλαγιές απογυµνώθηκαν και το έδαφος διαβρώθηκε. Στο νησί δεν υπάρχουν εκτάσεις χαρακτηρισµένες ως δάση. Μόνο στο Ν.∆. άκρο στον κόλπο Αυλάκι υπάρχει µία µικρή έκταση µε αρκευθοθαµνοκυπάρισσο, η οποία όµως δεν προστατεύεται από την βόσκηση. H Κάσος και τα Κασονήσια θεωρούνται σηµαντικός βιότοπος για την προστασία της φώκιας Monachus Monachus.
Η Κάσος ολόκληρη και τα Κασονήσια περιλαµβάνονται στους τόπους κοινοτικής σηµασίας (SCI) µε κωδικό GR421001, στις σηµαντικές περιοχές για τα πουλιά (ΙΒΑ) µε κωδικό gr174. Το νησί της Κάσου εξαιρουµένων των οικισµών περιλαµβάνεται στη Ζώνη προστασίας της ορνιθοπανίδας (SPA) µε κωδικό GR4210028.
Επιπλέον, οι νησίδες Αρμαθιά και Μακρονήσι έχουν χαρακτηριστεί ως τόποι ιδιαίτερου φυσικού κάλλους (ΦΕΚ 1323/Β/1.11.2000)
Στην Νησίδα Αρµάθια υπάρχει χαρακτηρισµένος υγρότοπος έκτασης 13 στρ. µε τον κωδικό ARM001 (ΦΕΚ 229/ΑΑΠ/19.06.2012) και είναι καταφύγιο άγριας ζωής.