Σύμφωνα με τον ν.3937/2011 (ΦΕΚ 60/Α/31-3-2011) Αρθ. 5, ως σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος (οικοτόπων και ειδών) είναι οι περιοχές Natura, τα Καταφύγια Άγριας Ζωής (ΚΑΖ), τα Εθνικά Πάρκα, οι Εθνικοί Δρυμοί κ.λπ.
Στον Δήμο Ανατολικής Σάμου και στην Δ.Ε. Καρλοβασίου Δήμου Δυτικής Σάμου εντοπίζονται τα εξής σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος:
● Δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Natura 2000 ΜΕ Φορέα Διαχείριση Προστατευόμενων Περιοχών Βορείου Αιγαίου:
- GR4120001 – ΕΖΔ, “ΠΑΡΑΛΙΑ ΑΛΥΚΗ ”, έκτασης 301,34 εκτ.
- GR4120002 – ΕΖΔ, «ΟΡΟΣ ΑΜΠΕΛΟΣ (ΚΑΡΒΟΥΝΗΣ)», έκτασης 4850,12 εκτ.
- GR4120003 – ΕΖΔ, «ΟΡΟΣ ΚΕΡΚΕΤΕΥΣ - ΜΙΚΡΟ ΚΑΙ ΜΕΓΑΛΟ ΣΕΪΤΑΝΙ - ΔΑΣΟΣ ΚΑΣΤΑΝΙΑΣ ΚΑΙ ΛΕΚΚΑΣ, ΑΚΡ. ΚΑΤΑΒΑΣΗΣ – ΛΙΜΕΝΑΣ», έκτασης 6683,42 εκτ.
- GR4120008 – ΖΕΠ, «ΟΡΟΣ ΚΕΡΚΗΣ», έκτασης 9136,84 εκτ.
● Καταφύγια Άγριας Ζωής (ΚΑΖ):
o K434, Χαμούλι-Γιαξί (Πλατάνου-Νεοχωρίου-Κουμαίικων)ς ΦΕΚ 779/76
o Κ917, Αργυρού, Ψιλή Άμμος Δήμου Βαθέος, (ΦΕΚ 953/Β/2002).
o Κ430, Άσπρος Βράχος Δενδριάς (Αμπέλου-Μανολάτων (ΦΕΚ 779/76)
● Υγρότοποι:
o Αλυκή Ψιλής Άμμου: Η αλυκή Ψιλής Άμμου βρίσκεται δυτικά του ομώνυμου οικισμού, περίπου 3,6 χιλιόμετρα νότια από το Παλαιόκαστρο και υπάγεται διοικητικά στον Δήμο ανατολικής Σάμου. Περιλαμβάνεται στην εθνική απογραφή με κωδικό GR412340000. Ο υγρότοπος βρίσκεται εντός περιοχής που έχει χαρακτηριστεί ως Ειδική Ζώνη Διατήρησης (GR4120001), Ζώνη Ειδικής Προστασίας (GR4120007) και Καταφύγιο Άγριας Ζωής (Κ533) ενώ το 2012 πραγματοποιήθηκε δημόσια διαβούλευση για το Σχέδιο Π.Δ. για τον χαρακτηρισμό της περιοχής ως περιοχή προστασίας της φύσης, χωρίς ωστόσο να υπάρχει μετέπειτα εξέλιξη.
o Έλος Μεσοκάμπου: Το έλος Μεσοκάμπου βρίσκεται περίπου 3 χιλιόμετρα νότια - νοτιοδυτικά από το Παλαιόκαστρο, στο Δήμο Σάμου. Περιλαμβάνεται στην εθνική απογραφή με κωδικό GR412341000.
o Δεξαμενή Ιμβράσου (αναφέρεται και ως Ιμβράσσου ή Ιμβρέσσου) και βρίσκεται περίπου 1,5 χιλιόμετρο δυτικά του οικισμού Μύλοι
o Ο υγρότοπος της εκβολής Ποτάμι Καρλοβάσου: Βρίσκεται 2,5 χιλιόμετρα βοριοδυτικά του οικισμού Λέκα και υπάγεται διοικητικά στον Δήμο Δυτικής Σάμου.
o Η εκβολή του ποταμού Φουρνιώτικου: Βρίσκεται στα ανατολικά όρια του Καρλόβασι και υπάγεται διοικητικά στον Δήμο Δυτικής Σάμου.
o Η εκβολή του ρύακα Ιμβράσου: Η εκβολή αυτή αναφέρεται και ως Ιμβράσσου ή Ιμβρέσσου) βρίσκεται στα βορειοανατολικά όρια του οικισμού Ηραίου και υπάγεται διοικητικά στον Δήμο Ανατολικής Σάμου
o Η εκβολή του Χήσιου ρέματος: Εντοπισμένη τρία χιλιόμετρα βορειανατολικά του Πυθαγόρειου και υπάγεται διοικητικά στον Δήμο Ανατολικής Σάμου.
Εθνικά Πάρκα και Εθνικοί Δρυμοί στην περιοχή δεν υπάρχουν. Υπάρχουν όμως αξιόλογα τοπία στα όρια της δημοτικής ενότητας Πυθαγορείου τα οποία βρίσκονται ήδη σε καθεστώς προστασίας από το ισχύον πλαίσιο.
Μεγάλης σημασίας είναι και οι πυρκαγιές που έλαβαν χώρα στο νησί της Σάμου. Τα τελευταία μάλιστα χρόνια έχουν παρατηρηθεί πολλές πυρκαγιές οι οποίες άφησαν μεγάλες καμένες εκτάσεις στο πέρας τους. Το 2016 στην θέση Ζερβού κάηκαν 755.50 εκτάρια. Το 2018 ξέσπασε πυρκαγιά στην θέση Κέδρος η οποία άφησε 146.86 εκτάρια καμένης έκτασης. Την επόμενη χρονιά, στα νότια ανατολικά του Πυθαγορείου και συγκεκριμένα στην θέση Μεσόκαμπος κάηκε έκταση 84.75 εκταρίων και τέλος το 2021 ξέσπασε σημαντικής έκτασης (479.83 εκτ.) πυρκαγιά στη θέση Βουρλιώτες καίγοντας κυρίως μεταβατικές δασώδεις και θαμνώδεις εκτάσεις σύμφωνα με τις καλύψεις γης