Σύμφωνα με τον ν.3937/2011 (ΦΕΚ 60/Α/31-3-2011) Αρθ. 5, ως σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος (οικοτόπων και ειδών) είναι οι περιοχές Natura, τα Καταφύγια Άγριας Ζωής (ΚΑΖ), τα Εθνικά Πάρκα, οι Εθνικοί Δρυμοί κ.λπ. Στο Δήμο Ύδρας δεν εντοπίζονται στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος, τα οποία να υπόκεινται σε καθεστώς προστασίας. Ωστόσο, σύμφωνα με τη βάση δεδομένων για την ελληνική φύση (ΦΙΛΟΤΗΣ) η «νήσος Ύδρα» αναγνωρίζεται ως Βιότοπος CORINE (κωδ. A00040054) και ως Τοπίο Ιδιαίτερου Φυσικού Κάλλους (ΤΙΦΚ) (κωδ. AT5011087).