Σύμφωνα με τον ν.3937/2011 (ΦΕΚ 60/Α/31-3-2011) Αρθ. 5, ως σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος (οικοτόπων και ειδών) είναι οι περιοχές Natura, τα Καταφύγια Άγριας Ζωής (ΚΑΖ), τα Εθνικά Πάρκα, οι Εθνικοί Δρυμοί κ.λπ.
Δήμος Αγκιστρίου
Στο Δήμο Αγκιστρίου εντοπίζονται τα εξής σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος:
● Καταφύγια Άγριας Ζωής: Νήσος Αγκίστρι (ΦΕΚ 729/Β/2001)
● Νησιωτικός υγρότοπος: Στην περιοχή του Δ. Αγκιστρίου υπάρχουν δύο νησιωτικοί υγρότοποι στους καταλόγους της WWF οι οποίοι ανήκουν και εντός του καταλόγου νησιωτικών υγροτόπων του Π.Δ. ΦΕΚ 229/ΑΑΠ/19.6.2012 και συγκεκριμένα:
o AGI001 - Αλυκή Αγκιστρίου (ή Απονήσου): Βρίσκεται περίπου 1 χιλιόμετρο δυτικά από τον οικισμό Λιμενάρια. Πρόκειται για εποχιακό αλμυρό λιμνίο το οποίο τροφοδοτείται με θαλασσινό νερό και με γλυκό νερό από τις επιφανειακές απορροές. Στη λεκάνη απορροής δεν υπάρχουν έντονες ανθρώπινες δραστηριότητες. Οι σημαντικότερες απειλές για τον υγρότοπο προκύπτουν κυρίως από τις αυξανόμενες τουριστικές δραστηριότητες. Ο υγρότοπος βρίσκεται εντός των ορίων Καταφυγίου Άγριας Ζωής (ΦΕΚ 729/Β/2001).
o MET001 - Αλυκή Μετώπης: Η αλυκή Μετώπης βρίσκεται στο νοτιοδυτικό άκρο της ομώνυμης ακατοίκητης νησίδας, ανάμεσα στην Αίγινα και το Αγκίστρι. Πρόκειται για μια έκταση 41 στρεμμάτων που δέχεται την επίδραση της θάλασσα και έχει νερό σποραδικά. Αποτελείται από μια φυσική αλυκή και μια μικρότερη λιμνοθάλασσα που βρίσκονται σε εξαιρετική κατάσταση διατήρησης λόγω απουσίας ανθρώπινων δραστηριοτήτων.
Δήμος Αίγινας
Στο Δήμο Αίγινας εντοπίζονται τα εξής σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος:
●Δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Natura 2000: Νησίδες Σαρωνικού κόλπου και θαλάσσια περιοχή (SPA - GR3000020). Η περιοχή βρίσκεται στη θαλάσσια περιοχή μεταξύ Αίγινας, Σαλαμίνας και Κορίνθου. Φορέας Διαχείρισης: Εθνικού Πάρκου Σχοινιά – Μαραθώνα.
● Καταφύγια Άγριας Ζωής: Στο Δήμο Αίγινας εντοπίζεται το ΚΑΖ Παχειά ράχη και Ι.Μ. Χρυσολεόντισσας, Ελαιώνας, Μετόχι όπως θεσμοθετήθηκαν με το ΦΕΚ 725/Β/2001 και η Νήσος Μονή (ΦΕΚ 729/Β/2001).
● Νησιωτικός υγρότοπος: Στην περιοχή του Δήμου Αίγινας υπάρχουν τέσσερεις νησιωτικοί υγρότοποι στους καταλόγους της WWF δύο εκ των οποίων ανήκουν εντός του καταλόγου νησιωτικών υγροτόπων του Π.Δ. ΦΕΚ 229/ΑΑΠ/19.6.2012 και συγκεκριμένα:
o AIG001 - Εκβολή Μαραθώνα (Βιρού) (κωδικός: Y300AIG001): Βρίσκεται περίπου 1,6 χιλιόμετρα βόρεια – βορειοδυτικά από τον οικισμό Αιγινήτισσα. Πρόκειται για έναν υποβαθμισμένο υγρότοπο (εκβολή χειμάρρου) στον οποίο έχουν ασκηθεί αρκετές πιέσεις με αποτέλεσμα να έχει απολέσει σε μεγάλο βαθμό τη φυσικότητά του. Οι ανθρώπινες δραστηριότητες, οι οποίες έχουν μειώσει τις αξίες και τις λειτουργίες του υγροτόπου, περιλαμβάνουν μεταξύ άλλων επιχωματώσεις, εκχερσώσεις, δόμηση, τουρισμό και διανοίξεις δρόμων ενώ υπάρχει έντονη ρύπανση λόγω απόρριψης στερεών απορριμμάτων και αστικών λυμάτων. Επίσης, στα ανάντη, ο χείμαρρος χρησιμοποιείται ως δρόμος. Τους χειμερινούς μήνες είναι συχνά τα έντονα πλημμυρικά φαινόμενα λόγω "στραγγαλισμού" της κοίτης από κατασκευές (τοιχία, οικήματα) και για το λόγο αυτό πραγματοποιούνται εργασίες προστασίας όπως καθαρισμοί του ρέματος και εκχερσώσεις υγροτοπικής βλάστησης οι οποίες αλλοιώνουν επιπρόσθετα τον υγρότοπο.
o AIG002 - Εκβολή ρύακα Βάγια (κωδικός: Y300AIG002): Βρίσκεται μέσα στον ομώνυμο οικισμό και πρόκειται για έναν υποβαθμισμένο υγρότοπο στον οποίο έχουν ασκηθεί αρκετές πιέσεις με αποτέλεσμα να έχει απολέσει σε μεγάλο βαθμό τη φυσικότητά του. Εκατέρωθεν της κοίτης υπάρχουν εξοχικές κατοικίες ενώ έχει κατασκευαστεί μια πεζογέφυρα που ενώνει τις δύο όχθες. Επιπλέον, οι ανθρώπινες δραστηριότητες περιλαμβάνουν μεταξύ άλλων επιχωματώσεις, εκχερσώσεις, ελλιμενισμός μικρών βαρκών, αποθέσεις αδρανών και ρύπανση από στερεά απορρίμματα. Πολύ κοντά στον υγρότοπο, πάνω σε επιχωματωμένη περιοχή έχει κατασκευαστεί γήπεδο αθλητικών δραστηριοτήτων ενώ σε απόσταση περίπου 200 μέτρων ανατολικά του υγροτόπου υπάρχει λιμάνι για μικρά σκάφη.
Οι άλλοι δύο νησιωτικοί υγρότοποι όπως αναφέρονται στους καταλόγους της WWF είναι:
o AIG003 - Εκβολή ρύακα Αννίτσα: Βρίσκεται περίπου 1,4 χιλιόμετρα ανατολικά - νοτιοανατολικά από τον οικισμό Άλωνες και πρόκειται για την εκβολή ενός χειμάρρου εποχικής ροής που διατηρεί μόνιμη παρουσία νερού λόγω επικοινωνίας με τη θάλασσα. Στην ευρύτερη περιοχή υπάρχουν δενδρώδεις καλλιέργειες, λίγες κατοικίες και ένα μικρό λιμάνι για βάρκες αλλά στο άμεσο μέλλον αναμένεται η οικοδομική δραστηριότητα να ενταθεί.
o AIG004 - Τεχνητά λιμνία Παχειάς Ράχης: Τα τεχνητά λιμνία Παχειάς Ράχης βρίσκονται περίπου 2,1 χιλιόμετρα δυτικά από τον οικισμό Πόρτες. Πρόκειται για 3 λιμνία σε κοντινή απόσταση και έχουν δημιουργηθεί πιθανόν από εκσκαφές για απόληψη αδρανών. Βρίσκεται σε περιοχή που έχει χαρακτηριστεί ως Καταφύγιο Άγριας Ζωής (με κωδικό Κ787) ενώ φαίνεται να είναι εκκλησιαστικό κτήμα.
● Σημαντικές Περιοχές για τα Πουλιά (ΣΠΠ): Νησίδες Σαρωνικού Κόλπου (GR199 )